Przy wjeździe do Estonii nie są wymagane żadne szczepienia. W Estonii nie występują zagrożenia natury sanitarno-epidemiologicznej. W okresie letnim zaleca się szczepienia przeciwko boreliozie. Zarówno publiczna, jak i prywatna służba zdrowia jest ogólnie dostępna. Obywatele RP płacący składki na NFZ mają prawo do korzystania w Estonii z opieki medycznej w ramach ubezpieczenia. W przypadku wyjazdu turystycznego warto zaopatrzyć się w Europejską Kartę Ubezpieczenia Zdrowotnego (dostępna w oddziałach NFZ), aby móc bez przeszkód korzystać z publicznej służby zdrowia na terenie Estonii. EKUZ upoważnia tylko do korzystania z podstawowych usług medycznych, dlatego zaleca się także wykupienie dodatkowego, indywidualnego ubezpieczenia.