Indonezja jest tak obszernym i zróżnicowanym krajem, że ciężko mówić o bezpieczeństwie w niej jako o całości. Generalnie uważa się, że jest krajem stosunkowo bezpiecznym. Należy jednak zachować szczególną ostrożność. Do głównych niebezpieczeństw zalicza się akty drobnej przestępczości, jak kradzieże i rozboje. W niektórych obszarach turyści są bardziej narażeni na niebezpieczeństwo, w innych mniej.
Po zamach terrorystycznych na Bali w 2002 i 2005 r., a także po ostatnich w Dżakarcie, władze zwiększyły środki bezpieczeństwa, aby turyści mogli czuć się bezpiecznie. Jednak wciąż istnieje zagrożenie terroryzmem, z uwagi na działające na terenie Azji Południowo- Wschodniej fundamentalistyczne ugrupowania islamskie.
W niektórych rejonach bardziej aktywnych sejsmicznie może dojść do trzęsień ziemi (jak w październiku 2009 na Sumatrze) czy do powstawania fal tsunami.
Jakość dróg w Indonezji, oraz natężenie ruchu drogowego, szczególnie ilość skuterów, sprawia, że niebezpiecznym staje się podróżowanie samochodem lub motorem na własną rękę. Indonezyjczycy jeżdżą szybko i mało uważnie. Do wypadków dochodzi codziennie. Należy pamiętać, że w przypadku wypadku drogowego z udziałem turystów, to oni są zawsze winni, dlatego powinno się unikać w takim przypadku kontaktu z policją. Podróżując należy się także wystrzegać samozwańczych przewodników na motorach, którzy obiecują, że wskażą drogę, przeważnie chcą za to zapłaty.
W Indonezji raczej należy się wystrzegać kontaktu ze służbami bezpieczeństwa. Choć posterunki policji znajdują się na praktycznie każdym większym skrzyżowaniu, policja nastawiona jest na czerpanie korzyści materialnych płynących z kieszeni turystów, a pomoc im schodzi na dalszy plan.