Przy wjeździe do Indonezji nie ma obowiązkowych szczepień, zaleca się jednak szczepienia przeciwko tężcowi, wirusowemu zapaleniu wątroby typu B, durowi brzusznemu. Istnieje zagrożenie zarażeniem przenoszoną przez komary dengą (gorączką krwotoczną), a w niektórych rejonach - malarią, dlatego też zaleca się stosowanie środków odstraszających owady. Należy unikać kontaktu z bezpańskimi zwierzętami, szczególnie psami (wścieklizna), a także z ptakami i drobiem (np. na fermach, targowiskach itp.), gdyż często odnotowuje się zarażenia wirusem ptasiej grypy. Turyści narażeni są na choroby układu pokarmowego, należy pić wyłącznie wodę butelkowaną i uważać na pikantne potrawy.
Służba zdrowia w Indonezji jest na dość niskim poziomie. Do normalnych rzeczy należy fakt, iż w prywatnych gabinetach pracuje jeden lekarz „od wszystkiego”, wizyty jednak nie są zbyt drogie. Za wizytę u takiego lekarza płaci się zwykle ok. 50 tys. rupii (na Bali). Istnieją prywatne kliniki, które zapewniają pacjentom wyższy standard usług. W szpitalach i klinikach można się targować, jako że Indonezyjczycy widząc turystę często zawyżają rachunki za pomoc medyczną. Wszystkie leki, łącznie z antybiotykami dostępne są w aptekach bez recepty, trzeba jednak uważać, bo są dużo silniejsze niż ich polskie odpowiedniki. W przypadku drobnych dolegliwości, w niektórych aptekach można zwrócić się po pomoc do farmaceuty (np. czyszczenie ucha, opatrzenie niewielkiej rany itp.). Leki najlepiej kupować w lokalnych aptekach (można się targować) niż w sieciowych, gdzie ceny za te same lekarstwa są dużo wyższe.