Przy wjeździe do Peru nie wymagane są żadne niezbędne szczepienia. Zalecane są natomiast szczepionki na: WZW A (wirusowe zapalenie wątroby typu A), WZW B (wirusowe zapalenie wątroby typu B), Żółta gorączka (żółta febra), BTP (błonnica, tężec, polio), Dur brzuszny (tyfus).
Zagrożenie wystąpienia malarii i gorączki denga w rejonie dorzecza Amazonki w szczególności. Ponadto dur brzuszny po spożyciu skażonej wirusem Salmonella wody, czy żywności. Zatrucia pokarmowe spowodowane odmienną flora bateryjną.
Zalecane jest picie wody butelkowanej i napojów bez lodu. Należy uważać również ze spożywaniem cevicze (na bazie surowej ryby), czy drinka pisco sour (z surowym białkiem).